1942年10月，当多诺万手下的特工潜入西班牙驻墨西哥使馆偷拍一本海事密码簿时，FBI的人也赶到。警报嘶鸣，红灯忽闪，战略情报局的人只好逃走。多诺万对此大为恼火。
    1943年，多诺万提出战略情报局与苏联内务人民委员会建立联系的计划，胡佛听到风声后，立即致信白宫，警告这样做会“对本国内部安全构成严重威胁”。最后该事件不了了之。
    1944年11月，多诺万向罗斯福提议将战略情报局改组为一个新的对外情报局，即现在的中情局，直接对总统负责。由于该消息被泄露，建议没有实施。多诺万确信是胡佛从中作梗。
    二战结束时，胡佛无可争议地成为美国国内情报机关的首脑，在战后海外情报的未决竞争中也获得同等机会。
    但1946年1月，杜鲁门总统下令组建中央情报组，一年多后，成立中情局。两大机构一个主内，一个主外，但产生矛盾仍然在所难免。
    至今，中情局人员仍然被联邦调查局视为知识分子、喝着葡萄酒、抽着烟斗、有时很冷淡的人，中情局则将联邦调查局人员看成抽雪茄、喝啤酒、敲门的警察。有美国媒体形容称，这真是一对“糟糕的朋友”。
    赵继统在“25区”的事件中，为FBI落了大脸，胡佛感觉终于压了CIA局长赫尔姆斯一头，所以当CIA的招待处长科尔比要求归还“25区”基地时遭到了严厉的拒绝。
    胡佛直接电告总统，CIA不过是个情报搜集机构，

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