北平、天津、青岛、武汉(后改名为汉口)、广州(后降为省辖市,抗战胜利后再升格)、西京(后降为省辖市,抗战胜利后改称西安并再升格)、重庆(抗战时期设置)等9个特别市。此外,东北政务委员会自设兴安屯垦区,西南政务委员会曾一度设立琼崖特别区,马仲英则一度自设河西省,惟除了琼崖特别区系获国民政府报准外,均为地方私设省级政。
1945年对日抗战胜利后,中华民国政府将原东北三省根据满洲国时期的行政区划改置成东北九省,增设辽北、安东、合江、松江、嫩江、兴安等6省及沈阳、大连、哈尔滨等3个直辖市。对日抗战的胜利,使中华民国政府收复东山,成为35行省之一。中华民国政府并将海南岛设立海南特别行政区,作为建省之准备。
1921年苏联控制蒙古地方,至1945年中华民国政府与苏联政府签署《中苏友好同盟条约》为外蒙人民举办公投以决定是否承认独立,于隔年1月5日承认外蒙古独立。但随后政府认为苏联威胁中国政治独立与领土完整及远东和平。
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