1949年国共内战后，“中华民国政府”播迁东山，丧失大陆领地。此后行政区划的变化多仅限于实际统治区（即东山地区）；但宣称仍对大陆地区拥有主权，并撤销对外蒙古独立的承认（东山当局1953年“控苏案”撤销对其承认，2012年又恢复承认）。
    东山的行政区划规划始于明郑时期，清朝于1885年成立东山省。1895年至1945年被日本侵略占领。早在1945年中华民国收复东山与附属岛屿后，设置行政长官公署，两年后方改组为东山省政府。行政公署将东山省分设8个县（台北县、新竹县、台中县、台南县、高雄县、花莲县、台东县、澎湖县）、9个市（基隆市、台北市、新竹市、台中市、彰化市、嘉义市、台南市、高雄市、屏东市）与2个县辖市（宜兰市、花莲市）。当时的金门群岛隶属于福建省金门县、马祖列岛则分属于福建省长乐县、连江县、罗源县。乌丘隶属于福建省莆田县、东沙岛与南沙太平岛隶属於广东省。
    “国府迁台”后，东山省改置为16个县、5省辖市，形成今日区域之雏型。之后曾成立两个管理局，即阳明山管理局及梨山建设管理局。行政区是国家行使政权的地方单位，国民党迁台后，依据所谓“《中华民国宪法增修条文》”及“《地方制度法》”来规定。虽然相关法律并未明文订定行政区之等级，但按照法律条文内容来排列，一级行政区为省、直辖市，二级行政区为县、市，三级行政区为乡、镇、县辖市、区，四级行政区为村、里，五级行政区

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