任务等级评定部部长由奈良族长担任，这个部门需要大量的情报和高智商的领导人，才能确保任务等级的准确性，减少协会人员伤亡。更重要的一点是，坐在这个位置上的人要有敏锐的政治嗅觉和分析能力，从无数的任务情报中分析出个国家和势力的动向，避免协会陷入被动。协会接受的所有任务都要经过该部筛选评定后，才能由忍者们接取。
    科技部则由千手扉间接手了，作为一个沉迷研究的科学家，对于接受科技部十分的满意。科技部负责各种技术的立项和研发，漩涡一族不少擅长封印术的族人都选择了在科技部就业，木叶城内网基站建成后，阿兰若制作了一个大型主机，里面安装了一个新的人工智能，命名为“木叶”，主程序负责木叶城的安全监控，各路情报的收集分析和加密保护。分出的子程序负责分析处理各种实验数据，辅助实验进程，倒是将刚加入科技部的研究人员吓了一跳。
    情报部部长由宇智波泉奈担任，负责各路情报的收集，筛选和分析对照，然后再分门别类的传输到其他部门。“木叶”的主机就在情报部，情报部是直接由协会会长管辖的，会长有权查阅情报部的所有情报，协会的其他成员根据自己的权限，可查阅的情报等级也不同。
    后勤部由山中族长担任，负责忍协的后勤保障工作。为之后加入忍协的忍族们提供技术支持和后续帮助，还有忍协设施的施工建设和维修，包括忍者们退休后的养老安排，建立忍者孤儿院等，一系列关于忍者们的福利待遇都由后勤部负责。
 

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