美侨离华。协和医院也缺乏安全感。魏敦瑞为了取得美国国籍和到纽约美国自然博物馆继续他的研究工作，也决定去美国，当时，为了这批标本的安全，他希望把主权属于中国的人类化石也运去美国保存。但由于种种原因，化石没有启运。
    大约在珍珠港事件前三个星期的一天，协和医院总务长博文突然通知秘密装箱，将所有化石全部用擦显微镜头的细棉纸包好。裹上药棉，再包上粉连纸，外边捆上细纱布、棉花，装入两只大木箱，运到美国大使馆，准备随美国海军陆战队运到美国。
    12月5日早晨，“北京人”贴着“高级机密”的标签，搭乘美国海军专用火车，在几名士兵的“护送”下运出北京，准备到秦皇岛转乘“哈立逊总统号”邮船运往美国。然而两天以后，当军用火车尚未到达秦皇岛时，日军偷袭了珍珠港，日美已成正式交战国。在华日军很快截获并抢夺了美国的这辆军用火车。从此以后，这批极其珍贵的化石就无影无踪了。
    这一惊人的丢失案件，引起了全世界的强烈反响，当时，不仅日本人在找，美国人也在找。抗日战争胜利后，由于当时中国政府的要求，美国远东司令部曾向日本方面探查，但也没有结果。
    那么，“北京人”化石究竟是怎么失踪的?有一种说法是日本人把所有从火车上卸下来的箱子装上驳船，准备装到一艘开往天津的货船上去。不幸，驳船翻掉了，“北京人”化石沉到海底了。另一种说法，邮船被日军俘虏，化石被日军截留，后来几经易手，终于下落

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