同时，聂人凤还对海军司令部的结构做了调整。海军参谋部得以保留，不过其主要任务是协调各战区的作战行动，以及配合行动，另外负责协调各舰队的行动。因为各战区的舰队并不固定，比如某舰队在西太平洋战区执行作战任务，即为西太平洋舰队，如果后来前往印度洋执行任务，则为印度洋舰队（这是在战争中期单独设置战区司令的一个重要原因）。因此，海军参谋部的主要职责，就是协调各舰队的行动。
    海军司令部还另外设置战略处。战略处的主要工作就是制订海军的战略计划，以让各战区司令部，舰队配合完成战略计划。设置情报处，主要负责处理情报，并且直接向各战区司令部，舰队提供情报支援。后勤部降级为后勤处，负责为海军筹备战争物资，并且为各战区，舰队调配战争物资。人事部降级为人事处，主要负责新兵，新军官的安置与分配工作。装备发展处，主要负责监督海军舰艇战机以及弹药等等装备的制造与研制工作。
    可以说，聂人凤完全是按照战时体制对海军进行了一次全面改组。新的海军体系的任务就是将海军的战斗力都发挥出来，战胜敌人，并且取得最后的胜利。而这其中，最大的亮点还是新的舰队编制体系。
    新的舰队编制中，已经直接取消了以战列舰等主力战舰为核心的体制，舰队的基本组成是各类型的编队，比如航母编队，战列舰编队，巡洋舰编队，驱逐舰编队等。而舰队司令官可以根据实际的情况，从这些编队中挑选某些编队，或者是某些战舰，组成特混

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