着中央集权化的加强，在其确立了对包括阿里地区在内的整个西藏的统治后，没有再实行分封，而代之以派遣皇子西平王奥鲁赤出镇西藏地区。

    中统元年（1260），忽必烈以八思巴为国师，掌管佛教事务。至元元年（1264），在元朝中央政府设总制院。掌释教僧徒和西藏事务，以国师八思巴统领院事，桑哥兼总制院使。至元二十五年（1288），“桑哥又以总制院所统西蕃诸宣慰司，军民财谷，事体甚重，宜有以崇异之”奏请，于是，“因唐制吐蕃来朝见于宣政殿之故，更名为宣政院”1。宣政院是专管佛教和西藏地方事务的中央机构。置院使二员、同知二员、副使二员，其人选则军民通摄，僧俗并用。西藏军民事务皆隶属宣政院管辖，小规模的军事活动，由宣政院直接处理，或置分院往镇；有大征伐则由宣政院会同枢密院讨论决定。

    总制院设立的同时，国师八思巴返回西藏，协助蒙古贵族建立西藏地区的行政体制。同时，忽必烈又委派总制院使答失蛮前往，沿途清查户口、物产、道路等情况，为建立驿站和更好地治理西藏作必要的准备2。

    蒙古在统一西藏的过程中，最早建立的是乌思藏十三万户。“它是蒙古统治者针对当时乌思藏分裂、割据的客观形势，因地制宜地采用的一项颇为策略的政治措施。其中的伯木古鲁、必里公两万户是蒙哥于1254年左右招封的。其余诸万户则是在至元五年（1268）及其以前逐渐建立的。万户长都是左右一方的豪族，他们是蒙古统治者

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