寺院势力最初是在世俗小王的支持和保护下重萌生机的。但当他们积累起足够的经济力量和宗教影响后，他们也起而参与地方的政治活动，于是形成很多以大寺院为中心的神权政治的势力。教团领袖开始时是由寺院僧众推举的，后来经常变成世袭职位。较大的世俗宗族往往会以叔侄相继的传承方式世代把持某个大寺院住持的座席。世俗贵族与僧侣集团之间就这样结成一种很特殊的“赐主—福田”关系。较小的世俗贵族甚至还要反过来寻求教团的保护。在十一二世纪，藏地存在着以下这些势力很大的教派集团：噶当派（bkah-gdams-pa），由阿底峡的弟子仲敦巴（1005～1064）所传。它在前藏拥有很大的势力。著名的热振寺就属于此派。吐蕃赞普后裔雅垄王族成员曾长期据有噶当派主寺的住持职位。

    萨斯迦派（sa@skya-pa）的根据地在后藏的萨斯迦（今译萨迦）。萨斯迦大寺的历任住持多出于款氏家族。这个教派在元代藏地政治中具有非常特殊的影响力。

    帕木古鲁派（phag-mo-gru-pa，今译帕木竹巴），因其祖寺建于帕木古鲁之地（在今前藏泽当东北）而得名。该寺住持由郎氏家族世代把持。帕木古鲁派有若干分支，如必里公派（hbri-gung-pa，今译“止贡”派），思答笼派（stag-lung-pa），牙不藏派（gya-bzang-pa）等。

    搽里八派（mtshal-pa），此派创立较晚，后来其主寺的住持

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