另一方面，为程灵素真正赢得高层声望的，是她对整个中医理论的梳理与整合。邓枫提出了“分科”的建议，程灵素则直接完成了基本的落实，也就是现代人尽皆知的药剂师、临床医生、护理人员和制药工人，再往下细致分科在这个年代基本无用。
    然后又把所有的药物类著作根据无嗔大师以及药王谷藏书的知识进行了整合，在大量药王谷医生的帮助下出版了新的《药材百科全书》，去掉了一些玄学类型，比如说节妇炕头土、十年头盖骨之类的东西，增加了大量常见常用、效果还不错的动植物药材说明，比如马齿苋缓解马蜂蜇咬、大蒜烧熟治疗轻度腹泻、一碗热腾腾的胡辣汤能够大幅度降低风寒感冒等等，而且内容书写全部用严谨、刻板的白话文，基本上认字就能看懂，还不用担心什么歧义。
    为了给缺医少药的穷困农村治病，她还在邓枫的建议下，编著了一本纯粹针对病症的医术著作，也就是不讲理论原理，直接按照什么症状可能是什么病、这样的病症该怎么治、如果没有专业药材又该用什么常见植物替代的、实在无法治疗应该怎么缓解争取时间的顺序编著，类似于现实社会的《赤脚医生手册》，然后依托药王谷恐怖的财力与渠道通行天下，这让她成了天下公认的医学第一人。
    什么“阎王敌”薛慕华、“杀人名医”平一指、“蝶谷医仙”胡青牛在他面前渣都不是。最后一位还得感谢邓枫，因为现在“紫衫龙王”黛绮丝过的非常幸福，早就没兴趣管什么前夫报仇之类的狗屁问题。


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