首先从柯南表小的那一刻开始，柯南的所有时间线就都混乱了，所以柯南变小的这一刻开始就设定为柯南元年。

    柯南元年，19年前宫野艾莲娜与丈夫一起加入黑衣组织隶属的实验室开发a药。

    柯南元年的17年前，羽田浩司案发生。

    同年，赤井务武失踪。

    同年柯南等一众主角出生。

    柯南元年10年前，赤井一家人在海滩上遇到了工藤新一。

    柯南元年7年前22岁的萩原研二殉职，这里增山远改变了剧情，直接抓住了炸弹犯救下了研二，研二没死松田也就不会在柯南元年的3年前去到搜查一课，也就不会死了。

    柯南元年5年前，赤井秀一为了秘密调查黑衣组织化名“诸星大”，佯装被组织成员宫野明美驾驶的汽车撞伤，与明美相识后与之交往，利用这层人际关系认识了她的妹妹——组织中拥有顶尖头脑的科学家宫野志保，成功打入组织内部。

    柯南元年4年前，诸伏景光和世良真纯在车站站台相遇，同年在组织殉职。

    柯南元年2年前，fbi开展秘密逮捕琴酒行动，因为安德雷·卡迈尔的失误，导致行动失败，赤井的卧底身随之暴露，逃出组织回到美国。

    柯南变小以后的时间线就没这么清楚了，只能从漫画里黑衣组织出现的情节来判定，这里就不考虑动画的魔改了。

    变小以后，柯南第一次和黑衣组织接触是在列车上，这次柯南得知了琴酒

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