新成立的衙门，自然要一切从简了，所以只定了三个司。分别是主管船队出海的船运司、主管商税收缴的税务司以及肩负核查职责的清吏司。
    依照其他衙门的官员职衔，海事衙门相应官员的品衔也有了定论。一把手沈崇名为从二品；二把手师丙正从三品；各司员外郎、郎中、主事，分列从五品、正六品、从六品。