疑惑，于是在好友“守护神”初春饰利的帮助下，结合自己的电磁能力，她们入侵了学园都市的“书库”，震惊的得知了“超能力者量产计划”的存在。
    同时，美琴想起来了年幼时曾经在医院捐献过dna图谱的事情。于是，美琴以此为契机，打算潜入到樋口制药·第七药学研究所调查“量产型能力者计划”，却得知，这个研究所就是前几天新闻上报道过的，遭到了恐怖袭击的地点，相关的负责人全都死了！（killer干的）
    这下可好，唯一的线索都断了，袭击者的身份不明，但是那个袭击者却毁灭了研究所的一切，“超能力者量产计划”肯定也没法开展了。
    认为自己调查清楚真相后的美琴，心情放松了不少。可没过几天，她却又在公园见到了自己的克隆体御坂9982号。在通过初春饰利翻译出了从克隆体处得到的密码后，美琴得知了另一项实验“绝对能力者进化计划”正在进行，并于一天深夜亲眼目睹了御坂9982号被一方通行杀戮的场景！
    这时，美琴才真正的知道了，御坂妹妹们并没有被停止实验，只是被转移到了另一个更加血腥的实验！
    以非神之躯，领悟神之意志。是木原一族一直在竭力追求的，而超能力者量产计划，因为没有达到预期的效果，而成为了绝对能力者计划的铺垫。
    超能力者量产计划失败了，克隆出来的结果，是两万个能力只有lv2的御坂妹妹克隆体，但是很快，木原幻生又提出了绝对能力者进化计划，两万个御坂

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