在市中心广场等待活动开始的武藤游戏，突然遭到神秘怪兽的袭击，会场瞬间变成了废墟......
    与穿越时空而来的两位后辈决斗王游城十代与不动游星，三人共同对抗从各个时代收集强力怪兽、号称史上最强的敌人——帕拉多克斯，为挽救世界进行了决斗。
    游戏用奇妙的战术为游星夺回了「星尘龙」，并且破坏了「罪矛盾龙」。并肩作战的三人被帕拉多克斯的强大「罪真实龙」打得偏体鳞伤，但游戏在十代的配合下用「栗子球」抵挡住「罪真实龙」的致命攻击。
    最终三人的羁绊战胜了帕拉多克斯，挽救了破灭的未来，三人在夕阳下道别。[14]
    游戏王R
    和动画版设定不同的另一个世界线的故事——「天马动乱篇」。帕加索斯的养子天马夜行被基斯·霍华德欺骗，以为帕加索斯是被游戏所杀，决心对游戏实行复仇。他绑架真崎杏子，并意图利用帕加索斯的遗产——「三邪神」之力让帕加索斯以杏子的身体为容器复活。为了救出杏子，游戏与城之内、本田一同进入被夜行占领的海马集团大楼，而夜行的雇佣兵——十三位「卡片专家」正等候着游戏一行，游戏等人只有用决斗击败对方才能继续前进……