周延儒上前道：“皇上，成立军机处微臣没有意见，大明如今战乱频繁，确实也需要一个衙门专门统一指挥全国军事。但自成祖以来，王爷都不在统领兵马，皇上这突然更改，怕会落个任人唯亲的口实。”
    “朕不怕别人说任人唯亲，当年太祖爷在时，王爷领兵可比现在强大多了，可你看看如今这大明，都被匪寇和蛮夷打得怎么样？这几位王爷都是皇子皇孙，能力是有的，又是朕最亲最可信的人，多几位王爷为朕分担，这是好事，爱卿不应该阻拦才对。”崇祯随便搪塞一下周延儒。
    周延儒现在最希望的是还有人站出来一起劝解皇上，可是回头一望既然一个人都没上前来，又见钱谦益给他眨眼，他在一望朝堂上的局势：复党如今已投靠崇祯，保皇派就是跟崇祯穿着一条裤子，十二个王爷正怒视着他，很明显皇上早就跟他们沟通过了，有十二王爷，如门神一般的站在哪里，东林党对军事又不是很了解。一个人都不出来劝阻。周延儒见四周如此，急忙退下。不敢再说什么。崇祯见状：“看来各位没有异议那就这么定了。”
    崇祯三年二月初三，“军机处”算是正式成立，至此大明文武分家，最后渐渐的演变为当文职的终身不能当武职，武职终身也不能当文职。这次的改革最直接的作用是御史弹劾武官的折子大量减少，当然它的作用远不止如此，“军机处”成立对后来的大明对外作战和大明的真正崛起，都起到了至关重要的作用。